Sejarah pendidikan di Nusa Tenggara
Timur (NTT) terbilang amat panjang dan bermula dengan didirikannya sebuah
lembaga pendidikan Kristen pada 1701 di Kupang, Timor. Beberapa tahun kemudian,
lembaga yang serupa juga dibangun di Sabu, Rote, Alor, Sumba, dan Flores.
Namun, baru pada awal dan pertengahan abad 19, setelah masuknya Nederlandsch Zending Genootschap (NZG) dan misionaris Jesuit ke Timor dan Flores, pendidikan NTT mulai berkembang
(Mali, 2003 dalam Darmaningtyas, 2006:33; Frank 1976:31,237). Sejak berdirinya
GMIT pada tanggal 30 Oktober 1947, Sinode GMIT membentuk sebuah komisi Pengurus
Am Persekolahan GMIT yang mana tugas
utamanya mengatur, mengelola dan mengembangkan sekolah-sekolah kristen yang ditinggalkan
oleh pemerintah Belanda akibat merdekanya Indonesia dari penjajahan Belanda.
Memasuki pemerintahan Orde Baru, sekolah swasta yang bernaung dibawah yayasan
pendidikan Kristen Protestan dikelola oleh Yayasan Usaha Pendidikan Kristen
(Yupenkris), sementara sekolah swasta Katolik umumnya dikelola oleh tarekat
religius atau keuskupan setempat (Mali, 2003 dalam Darmaningtyas, 2006:33).
